Giải thưởng Nguyễn Bỉnh Khiêm lần thứ hai năm 1996, Giải B cho Đề tài: “Khảo sát môi trường địa chất ven biển Hải Phòng”. Chủ nhiệm: Trần Đức Thạnh.
Đồng tác giả giải thưởng Nhà nước về công trình "Nghiên cứu đánh giá nguồn lợi thủy sản Việt Nam" năm 2000.
Giải nhất giải thưởng sáng tạo khoa học và công nghệ Việt Nam (VIFOTEX) năm 2002 cho đề tài "Di giống và trồng rong câu", chủ trì: PGS.TS. Nguyễn Văn Tiến.
Đồng Giải thưởng Hồ Chí Minh Đợt III, năm 2005. Công trình ATLAS Quốc gia Việt Nam.
Giải thưởng Cố đô Huế, Giải A năm 2006 cho Cụm công trình: "Điều tra, nghiên cứu hệ đầm phá Tam Giang - Cầu Hai", GS.TS. Trần Đức Thạnh và tập thể khoa học. .
Giải thưởng thưởng Môi trường Việt Nam, giải cho tập thể Viện năm 2009.
Giải thưởng KH&CN thành phố Hải Phòng lần II, năm 2009, Giải nhì cho đề án: “Xây dựng khu Dự trữ Sinh quyển Quần đảo Cát Bà”. Chủ nhiệm: Trần Đức Thạnh.
Đồng Giải thưởng Hồ Chí Minh, Đợt IV, năm 2010. Công trình "Động vật chí Việt Nam và Thực vật chí Việt Nam, Sách Đỏ và Danh lục Đỏ Việt Nam".
Đồng Giải thưởng Nhà nước năm 2010 - cụm công trình "Khai thác sử dụng hợp lý nguồn tài nguyên thiên nhiên sinh vật Biển Việt Nam nhằm tạo ra các sản phẩm có giá trị phục vụ cuộc sống".
Bằng Vinh danh của Ban chỉ đạo Tây Nam Bộ thuộc BCH Trung ương Đảng Cộng sản Việt Nam và Ban chỉ đạo diễn đàn Hợp tác kinh tế Đồng bằng sông Cửu Long (MDEC) - Kiên Giang 2010 Lưu trữ 2020-08-13 tại Wayback Machine.
Giải thưởng Cố Đô Huế lần thứ hai năm 2011, đồng Giải B cho công trình: “Địa chí Thừa Thiên Huế - Phần Tự nhiên”, GS.TS. Trần Đức Thạnh.
Giải thưởng thưởng Môi trường Việt Nam năm 2013, giải cho cá nhân GS.TS. Trần Đức Thạnh Lưu trữ 2016-03-04 tại Wayback Machine.
